Cientos de nuevas secuencias genómicas llenan los vacíos en el árbol de la vida de la mosca de la fruta

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Una multitud de nuevos datos de secuencias genómicas llenan importantes lagunas en el árbol de la vida de la mosca de la fruta, informan Bernard Kim de la Universidad de Stanford, EE. UU., y sus colegas en la revista de acceso abierto PLOS Biology , que se publica el 18 de julio.

por la Biblioteca Pública de Ciencias

Las moscas de la fruta son organismos modelo clásicos en la investigación biológica y estuvieron entre las primeras especies cuyo genoma completo fue secuenciado. Con más de 4.400 especies, la diversidad de la familia de las moscas de la fruta podría ofrecer información sobre los patrones y procesos evolutivos. Pero solo una fracción de estas especies tiene su genoma secuenciado, y la mayoría de las secuencias genómicas de moscas de la fruta publicadas pertenecen a un conjunto muy limitado de especies con cepas endogámicas representativas de laboratorio.

Para abordar este problema, los investigadores secuenciaron los genomas de 179 especies de moscas de la familia Drosophilidae, incluidas moscas capturadas en la naturaleza, especímenes de museo preservados y cepas criadas en laboratorio.

Utilizando un enfoque de secuenciación híbrida que combina las más nuevas tecnologías de secuenciación de lectura corta y larga, pudieron producir secuencias de genoma de alta calidad y bajo costo a partir de material limitado.

Utilizaron las nuevas secuencias del genoma y datos publicados previamente para producir un árbol filogenético de 360 ​​especies de la familia Drosophilidae, lo que afinó nuestra comprensión de las relaciones evolutivas de estas especies. También alinearon casi 300 genomas de moscas de la fruta como una herramienta de código abierto para futuras investigaciones de genómica comparativa, como una alineación de genoma completo .

Si bien los esfuerzos de secuenciación a gran escala para organismos más grandes, como los mamíferos, están en marcha, este estudio demuestra que ahora es posible secuenciar el genoma de organismos pequeños, como moscas individuales (incluso aquellas preservadas en museos durante hasta dos décadas).

Los autores añaden: «Ahora es totalmente factible pensar en ensamblar genomas de cientos o miles de especies, incluso con el presupuesto de investigación de un solo laboratorio. Este tipo de muestreo a gran escala, a nivel de clado, nos proporcionará un nivel de resolución sin precedentes para estudiar las secuencias genómicas de diversos grupos, como las moscas de la fruta y otros, lo que sin duda mejorará nuestra comprensión del proceso evolutivo».

Más información: Kim BY, Gellert HR, Church SH, Suvorov A, Anderson SS, Barmina O, et al. (2024) Los conjuntos de genomas de una sola mosca llenan importantes lagunas filogenómicas en el árbol de la vida de Drosophilidae. PLoS Biology (2024). DOI: 10.1371/journal.pbio.3002697

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